Centrum pro regionální rozvoj ČR provádí kontroly realizace a způsobilosti výdajů projektů u všech programů Cíle 3 realizovaných na území České republiky. Činnost kontrolora dle čl. 16 Nařízení (ES) č. 1080/2006 vykonává CRR ČR z pověření Ministerstva pro místní rozvoj, přičemž navazuje na zkušenosti z výkonu kontroly 1. stupně v programech Iniciativy Společenství Interreg III v období 2004-2006.
CRR ČR zajišťuje svoji kontrolní činnost prostřednictvím svých regionálních pracovišť v územích NUTS II. Kontrolor dle článku 16 je příjemci dotace přidělen podle místa realizace a dopadu projektu.
Kromě kontrolní činnosti zajišťuje CRR ČR činnost Infobodu pro Program přeshraniční spolupráce ČR- Slovensko 2007-2013 a činnost Společného technického sekretariátu pro Program přeshraniční spolupráce ČR – Polsko 2007-2013.
Infobod poskytuje informace o programu na českém území programu, poskytuje konzultace potenciálním žadatelům, přijímá žádostí o finanční příspěvek a kontroluje je po formální stránce.
Společný technický sekretariát zodpovídá za kontrolu a hodnocení předkládaných žádostí, zajišťuje jednání Monitorovacích výborů, připravuje smlouvy s vedoucími partnery, zajišťuje propagaci programu a konzultace se žadateli a poskytuje servis pro Řídící orgán programu (MMR) a pro Auditní orgán (MF ČR).
Podpora projektů přeshraniční, meziregionální a nadnárodní spolupráce.